El Colegio San Antonio inició su funcionamiento en 1928 como colegio parroquial mixto, creado por la Parroquia Matriz del Callao, y regentado por las Hermanas Siervas del Inmaculado Corazón de María. El local original estaba ubicado en el cercado del Callao, jirón Ayacucho.
Allí estudiaban niñas hasta el tercer grado de primaria. Luego del terremoto de 1940 se levantó nuevamente el colegio, pero esta vez con un muro separando a los niños de las nuevas aulas de las niñas.
Las religiosas se quedaron enseñando a las alumnas mientras que los niños se quedaron a cargo de los sacerdotes de la parroquia. En 1944 el Padre William Morris y el Hno. Theodore Noll, (ambos Marianistas) después de dar sus clases en el Santa María por las mañanas, se trasladaban por las tardes al nuevo colegio. En 1950 se compró el terreno, parte de una hacienda, en el distrito de Bellavista. El terreno de 50000 m2, ubicado en la Av. Guardia Chalaca recibiría gran parte del alumnado de secundaria, quedando la primaria en el antiguo local del cercado, En 1951 se iniciaron las clases en los dos locales, con 800 alumnos, cinco docentes religiosos y nueve docentes laicos.
En
el tiempo transcurrido se había logrado en el local del Guardia Chalaca la
edificación de más pabellones de aulas, un auditorio en el segundo piso, sobre
los talleres, la casa para los marianistas y un local para laboratorios y
anfiteatros de ciencias. Este desarrollo material es el reflejo de la amplia
respuesta de los chalacos a la obra de la Compañía de María en el Callao,
llegando a matricularse hasta 2500 alumnos cada año. En el año 1981, después de
completar el número necesario de aulas, se realizó el traslado de las últimas
secciones de primaria a Bellavista, dejando el local original a la parroquia.Del Colegio San Antonio Marianistas han egresado 56 promociones desde 1951 hasta el 2006. Muchos de nuestros ex alumnos son profesionales de mucho prestigio en el Perú y el extranjero, en cargos público como privados, que hacen resaltar el nombre de nuestra Alma Mater. Son ellos motivo de nuestra más grande satisfacción y orgullo, al ver que nuestros esfuerzos son coronados por hombres realizados tanto, a nivel intelectual como espiritual.